调邢州推官，后调资州。转运使向姚仲孙下达公文要他去富顺监调查疑案。数十人因此得活。姚仲孙在任期间，资州更换了两名太守，但都是老朽之人，事情大多由姚仲孙决断。后又改任大理寺丞，知建昌县。早先，建昌将出产的茶叶运到南康时，一路堆积于道，有的因日晒雨淋而腐烂。主管此事的官吏即使倾家荡产也不能赔偿腐烂茶叶的价值。姚仲孙到建昌后，即与老百姓签订合同，让人民将山木送至高阜之地，建立仓库。邑人因此受益匪浅。迁彭州通判后，常常认为天下虽久无战事，但兵备之事不可废弛。故此向皇帝上前世御戎料敌之策，名叫《防边龟鉴》。再任睦州通判，调任滁州。当年闹旱灾，皇帝曾下诏发官粮赈济百姓，但此地主管官吏却没有按时将救济粮发放下去，姚仲孙到任后，力主弹劾主管家吏，晚上即按照户籍名册全部将赈粮发了下去。又升尚书屯田员外郎。
王当益州太守时，召姚仲孙为州通判。不久又被朝廷召回为右司谏。入内都知阎文应申请做都知，姚仲孙历数他的罪状，向皇帝说：“当皇上在太庙斋宿时，阎文应曾叱骂医官，声音传到行宫。郭皇后暴死，内外之人都怀疑是阎文应害死的。”皇帝于是将阎文应派出朝廷去做泰州兵马钤辖。但又以其有病为由将其留在宫中。姚仲孙再次上奏。阎文应终于立即出宫了。
以起居舍人的身份任知谏院，管理国子监。又以尚书户部员外郎兼侍御史知杂事。当时朝中共有谏议大夫十二人。姚仲孙向皇帝建议说“：谏议大夫都是朝廷选官，不应以年岁为序晋升提拔。现在从寺卿至前行郎中共有三十五个，与他们职位相近者还不包括在内。如果以年劳授职，则数年之后，谏议大夫人数会越来越多。请把选举制度定难一点。只留那些有才望之臣。其余的都去替补卿监之位。”皇帝乃下诏将当选者上报朝廷并听候御旨。这之前，各路再任提点刑狱者，回朝之后大多被擢升为省府官。姚仲孙请考核他们的政绩，将结果分为三等以作为升黜标准。皇帝再下诏要姚仲孙制定考课办法。
姚仲孙历任三司户部、度支、盐铁副使，再进天章阁待制、河北都转运使。在职期间，他大修城垒兵备。宋仁宗为此下诏对他进行褒奖。权知澶州时，黄河水害，冲坏了明公堤，浮桥亦被冲断。姚仲孙亲临堤上指挥，一夜努力又将堤修复了。权知大名府时，又晚上率禁军堵塞黄河边的金堤决口。这年，澶州、魏州虽发大水，但老百姓并未受到洪水的威胁。再进礼部郎中、龙图阁学士。后又迁升陕西都转运使，但没有成行。代理三司使事。皇帝又将西北备边之事嘱托于他。招募军队，增加驻兵，以及赏赐、聘问等所需费用，多得不可计算，但这一切姚仲孙都能尽心经营。即使病了，也一点不耽误公事。后来是因为一个小吏伪造文符，姚仲孙受到株连。黜为蔡州知州。因母亲去世哭瞎了一只眼睛，不久即死去。
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