元初年，起用为太学博士，升任太常寺丞。哲宗选择后嗣，太史被阴阳拘忌之说迷惑，孙谔上疏太皇太后说：“家人僻陋的话，不足以定大计，希望由圣明的考虑决断。”出任利、梓路转运判官，召授礼部员外郎、左正言。
绍圣年间整治元党人，孙谔说：“汉、唐朋党的祸害，其教训并不久远。”蹇序辰编次奏章奏疏，孙谔又说：“朝廷应示以信用，以静安定天下，请如以前诏书，一切不问。”曾侍对皇帝，论星宿天文变咎，希望修身省心消除，废除临幸西池及在寝宫内降旨授官。皇帝每每担心御史台谏院缺乏人才，孙谔说：“世间岂会缺乏士人，只是陛下不知道而已。”立即开列可以任用的二十二人。章厌恶孙谔违背自己，让他出任知广德军，移知唐州，提点湖南刑狱。
徽宗即位，恢复为右司谏，首先论大臣邪佞正直、政事可以废置因革者，皇帝称赞他的鲠直。议论的人打算以群臣封事付外详细论定，孙谔说：“君主不秘密就会失去臣子，这样将加速忠臣的祸患，不应宣示泄露。”于是停止。升任左司谏，不久因病去世。
孙谔与彭汝砺以气节相尚，汝砺死亡，孙谔告诉所认识的人说：“我处于谏言的职责，将无愧器资于地下。”等到他再次进入谏院，任职历时不到一个月，时论惜之。
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