贞四年(1216)，山东缺粮，郭仲元和军队三万人准备到黄河边或陕右分开屯守，他便上书朝廷，请求补任京官，并且说自己有收复河朔的计策，必须到朝廷面奏。皇帝下诏说“：你们兄弟集合义军，在各自地方立功，忠义的情操，已昭然可见了。朕因为参政侯挚和你一向交情深厚，派他到那里担任行省官员，你应当可以理解我的心意了！你要求到朝中参见，想法当然也是不错的，但东平处于危急之际，正需依赖你们加以声援，等战事稍为和缓之后，便可将军队迁移到黄河边驻守，那时你再来朝廷，为时未晚。尚希戮力报效朝廷，我不会忘记你的。”不久，改任他为河北宣抚副使。
郭仲元的部将李霆等都累积战功而被任命为刺史、提控，仲元上奏朝廷赐予金牌，李霆等都成为当时的名将，功名都和仲元相当。仲元屡立战功，以本职任从宜招抚使，计划约集从坦等军准备恢复失陷的地方。朝廷下诏说，仲元的军队人数多而杂滥，可大致分为三等，上等的准备征伐时使用，中下等的派去防守，懦弱的全部放走。红袄贼一千多人占据涟水县，完颜仲元派提控娄室领兵攻破县城，斩首几百人，打败了祝春，活捉了郭伟，其余的都奔逃而散，于是收复了涟水县。仲元兼任单州经略使，娄室晋升了两个品级，晋升职务一等。不久，仲元被遥授知归德府事。
当年十月，移军至卢氏，改任仲元为商州经略使，代元帅右都监。朝廷下诏说“：商、虢、潼关，实属相连一体，你要考虑个万全计策。”不久，潼关失守，仲元军队前往商、虢，又到嵩、汝之间，都未能和敌人交战。仲元上书朝廷说：“去年六月，我曾经请求朝廷，推选名将来督促各军，我当先锋，身先士卒，但粮草物资不能按时供应，未能成行。如今让军队坐等敌人，则师劳而财尽，越来越困顿不堪。”他大概想攻打西夏以张扬军威。他又说“：陕西一路最为重要，潼关、禁坑和商州各关隘都应当有所防备。原来在中都时，居庸关是最要害的地方，敌人从小岭、紫荆绕行出兵，使我军腹背受敌，终于失守。近日敌人由禁坑出兵绕行，因而潼关失陷。可挑选精兵分别加以防守。”后来他在秦、蓝设置守卫部队，并且向西夏出兵。
兴定元年(1217)，仲元又被任命为单州经略使，打败了在龟山的两千名宋兵，又在盱眙击败了宋军步骑兵一千多人，接着在白里港打败了红袄军，俘虏了老幼一万多人，他全都把他们放走了。宋军围困海州时，仲元军队驻守在高桥，他命令提控完颜阿邻带领骑兵绕到敌军后面夹击，宋军解围而去。皇帝赐给金带，并下诏加以嘉奖。红袄军攻占了曹马城，在徐、单两州间抢劫掠夺，提控高琬等人领兵出击，俘虏了两千人。兴定三年(1219)，仲元上奏说：“目前州城坚固，并积蓄粮食二十万石，聚集了乡间的义军一万多人，又经过了较好的训练，足以防守，请让我部渡河守卫。”朝廷下诏让仲元军屯于宿州，和右都监纥石烈德共同行帅府事。因为仲元腿部有病，过了百日以后，朝廷下诏说：“卿只须处置机要事务，抚恤将士，出兵时派李辛就行了。”四年，兼任保静军节度使，不久又改为劝农使。五年，任镇南节度使。
元光元年(1222)，完颜仲元被任命知凤翔府事。凤翔被围困时，左监军石盏合喜领兵救援。仲元让石盏合喜总管军事。合喜说：“明公一向深得人心，不必以官位相让。”仲元要求身先士卒，便传谕将士们说：“凡是建立奇功的，立即破格晋升。”在形势危急时他可以有权立即委任四品以下官员。颜盏虾虫麻拼力作战，功勋最大，他便任命虾虫麻通远军节度使。敌军解围之后，他奏请朝廷处置自己擅自任命官员的罪责。金宣宗嘉奖他的功劳，全部按照他的要求任命了那些官员。
又改任仲元为元帅右监军，被授予河北东路洮委必剌猛安，赐给黄金五十两、帛十五端、通犀腰带等，优诏嘉奖。正大年间任兵部尚书、皇太后卫尉，去世。完颜仲元为将，沉着刚毅而有智谋，是南渡之后最为人称道的名将。
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